خانم هاجر ، کوتاه نیامد و برای حکم قصاص به تهران ، دارالحکومه‌ی وقت ، رفت و ماه‌ها برای اجرای عدالت اصرار کرد . تا اینکه قاتل حاج آقا مصطفی در نوزدهم اردیبهشت 1283 قصاص شد .
روح الله در کودکی به مکتب خانه «ملا ابوالقاسم» رفت و روخوانی قرآن را آموخت . بعدها در نزد «آقا شیخ جعفر» و «میرزا محمود» (1) درس‌های ابتدایی را در خمین فرا گرفت . سپس مقدمات دروس حوزوی را نزد دایی ‌اش ، «حاج میرزا محمد مهدی» (2) ، سپری کرد و آنگاه «منطق» ، «سیوطی» ، «شرح باب حادی عشر» و «مُطَوَّل» را پای درس «نجفی خمینی» (3) فراگرفت .
سال 1297 ، سال غمگینی برای روح الله بود . مادرش از دنیا رفت و او با خواهرانش ، مولود آغاز فاطمه ، آغازاده خانم و برادرانش ، مرتضی ، نورالدین و نزدیکان دیگر ، مادر را در قبرستان خمین به خاک سپردند .



نوزده ‌ساله بود که برای ‌ادامه‌ی تحصیل در حوزه‌ی علمیه ، رهسپار اراک شد . زمستان سال 1299 بود و ‌هوا سرد‌ و برفی ، در آنجا ، «منطق» را نزد «آقا شیخ محمد گلپایگانی» و «شرح لمعه» نزد «آقا عباس اراکی» آموخت .
در روزهای بهاری سال 1300 برای آموختن بیشتر و عمیق‌تر علوم دینی به شهر قم مهاجرت کرد . آن روزها حوزه‌ی علمیه قم با حضور «آیت الله حاج شیخ عبدالکریم حائری» (4) شور و هیجان دیگری داشت . حاج آقا روح الله در قم ، دوره‌ی سطح را اندکی نزد «حاج شیخ محمد خوانساری» و بیشتر آن را نزد «آقا میرزا علی یثربی» گذراند .
دوره‌ی درس‌خارج را‌ نزد «آیت الله حاج عبدالکریم حائری» خواند و فلسفه و ریاضیات (هیئت و حساب) را نزد «سید ابوالحسن قزوینی» و «آقا میرزا علی اکبر یزدی» طی کرد .
علوم عرفانی و معنوی را پای درس «آیت الله آقا میرزا علی شاه آبادی» و «آقا میرزا جواد آقا ملکی تبریزی» خوانده و پس از رحلت «آیت الله حائری یزدی» به محضر‌«آیت الله‌بروجردی» (5) رسید .
‌سال 1308 ، ‌سال ازدواج ‌حاج آقا روح الله با «خدیجه» ، دختر آیت الله حاج میرزا محمد ثقفی بود . یک سال بعد مصطفی به دنیا آمد ، بعدها دخترانش ، صدیقه ، فریده و فهیمه چشم به جهان گشودند و در سال 1324 ، دومین پسرش ، احمد به دنیا آمد .
حاج آقا روح‌الله هر روز برای تدریس به مسجد می‌رفت . در همان روزها ، کتاب «اسرار هزار ساله» چاپ شد . در آن کتاب ، عقاید مسلمانان نقد شده بود . او چند روز ، درس خود‌ را تعطیل کرد و‌ شبانه روز ‌مشغول نوشتن شد . کتاب «کشف الاسرار» را در پاسخ به آن کتاب نگاشت .
حاج آقا روح الله در آبان 1341 ، تلگرافی به نخست وزیر وقت فرستاد و به تصویب لایحه‌ی «انجمن‌های ایالتی و ولایتی» اعتراض کرد . در بهمن همان سال نیز رفراندم فرمایشی شاه را تحریم نمود . در بهار 1342 ، ماموران ساواک به خانه‌اش آمدند و نامه‌ی تهدیدآمیزی به او دادند . اعتنا نکرد و در دومین روز فروردین- که مصادف با شهادت امام صادق (ع) بود- عزای عمومی اعلام کرد . در خانه‌اش ، مجلس عزاداری برپا شد غروب آن روز ، ماموران رژیم پهلوی به مدرسه‌ی فیضیه هجوم بردند و طلبه‌های زیادی را زخمی کردند و عده‌ای را کشتند .
در سیزدهم خرداد 1342 ، مصادف با روز عاشورا ، در مدرسه‌ی فیضیه در حالی که جمعیت موج می‌زد سخنرانی کرد و شاه را «بدبخت» و «بیچاره» خطاب نمود .
نیمه‌های شب 15 خرداد ، ماموران ساواک ، او را دستگیر کردند و پنهانی به تهران آوردند . او را به «باشگاه افسران تهران» بردند و سپس به «زندان قصر» .
پس از 19 روز ، در‌ پادگان «عشرت آباد» در‌ سلولی زندانیش کردند . پس از چند ماه ، از چهارم مرداد 1342 ، در «قیطریه» در خانه‌ای ، او را زیر نظر گرفتند .
هجدمین روز بهار 1343 ، حاج آقا ‌روح الله پس از هشت ماه ، در میان استقبال گرم مردم قم به آن شهر بازگشت . روز چهارم‌ آبان همان سال ، حاج آقا روح الله درباره‌ی طرح «کاپیتولاسیون» سخنرانی کرد . به زودی نوار سخنرانی او ، در سراسر ایران پخش شد و صدای اعتراض مردم ، از همه جا برخاست .
ماموران ساواک ، سحرگاه سیزدهم آبان 1343 ، شبانه حاج آقا روح الله را دستگیر کردند و مستقیم به فرودگاه مهرآباد تهران بردند و با هواپیما نظامی به شهر «آنکارا» در ترکیه تبعید کردند . او 11 ماه در ترکیه ماند . دو ماه نخست را تنها بود ، ولی با آمدن مصطفی - که او نیز تبعید شده بود- از تنهایی درآمد .
حاج آقا روح الله، نگارش کتاب «تحریر الوسیله» را از همان جا شروع کرد .


در 13 مهر 1343 از ترکیه به عراق تبعید شد . پس از ورود به بغداد ، به زیارت مرقد امامان ، در کاظمین ، سامرا و کربلا رفت و سپس عازم نجف شد .
سیزده سال در نجف ماند و به تدریس «خارج فقه» در مسجد شیخ انصاری پرداخت . در شب پاییزی اول آبان 1356 ، فرزند بزرگش مصطفی ، به شهادت رسید . مصطفی در‌ نماز صبح درحالی که به سجده رفته بود ، چشم از جهان فرو بست . فردای آن روز جنازه‌ی مصطفی را به خاک سپردند .
روز ‌دوم مهر‌ 1357 ، خانه‌ی ‌امام خمینی (ره) به محاصره‌ی ماموران رژیم عراق درآمد . چند روز قبل ، در دیدار وزیران خارجه عراق و ایران در نیویورک (آمریکا) تصمیم به اخراج امام خمینی (ره) از عراق گرفته شد . سحرگاه 12 مهر ، او همراه با فرزندش ، احمد ، ‌به سوی مرز کشور کویت رفتند . دولت کویت ، اجازه‌ی ورود نداد . آنها به بصره بازگشتند و عصر همان روز ، با هواپیما به بغداد رفتند .
امام‌ خمینی (ره) با پسرش مشورت کرد . او کشور فرانسه را پیشنهاد نمود . فردا صبح ، هواپیما از باند فرودگاه بغداد به هوا برخاست و پس از توقف کوتاهی در «ژنو» در 14 مهرماه در فرودگاه پاریس به زمین نشست .
در‌ همان روز اول ، دولت فرانسه از او خواست تا از فعالیتهای سیاسی خودداری کند . دو ‌روز بعد ، ‌امام خمینی‌ (ره) و ‌چند نفر ‌از یارانش ،‌به خانه‌ی یکی از‌ ایرانیان مقیم فرانسه ، در دهکده‌ی نوفل لوشاتو در اطراف پاریس رفتند .
آن روزها در ایران حوادث مهمی اتفاق می‌افتاد : محمدرضا پهلوی ، «جمشید آموزگار» را به جای «هویدا» به نخست وزیری منصوب کرد . پس از او «جعفر شریف امامی» زمام کار را با شعار‌«دولت آشتی‌ ملی» به‌ دست گرفت . دولت شریف امامی ، دو ماه بیشتر دوام نیافت .
شاه ، ریاست کابینه را به دولت نظامی «ازهاری» سپرد . کشتارها بیشتر شد و قیام مردم ، پرشورتر تا اینکه «شاپور بختیار» از سران جبهه‌ی ملی ، زمام نخست وزیری را به عهده گرفت . امام خمینی رضوان الله تعالی علیه در مهرماه 1357 «شورای انقلاب» را تشکیل داد .
محمدرضا پهلوی پس از تشکیل «شورای سلطنت» و دریافت رای اعتماد برای کابینه‌ی بختیار ، در 26 دی ماه از ایران فراری شد .